Ist ein Projekt genehmigt und hat seinen Zuwendungsbescheid erhalten, kann es mit der eigentlichen Umsetzung seines Arbeitsplans (d.h. die Arbeitspakete und ihre Aktivitäten) beginnen.
Alle genehmigten Projekte müssen bei der laufenden Umsetzung und bei der Verwaltung ihrer EFRE-Förderung die „Allgemeinen Projektbedingungen“ des Programms Interreg Großregion 2021 – 2027 
beachten und einhalten, insbesondere die Vorgaben in
- Abschnitt II (Finanzielle Verwaltung des Projekts),
- Abschnitt III (Haushaltsbedingungen),
- Abschnitt IV (Spezifische Bedingungen für den federführenden Partner),
- Abschnitt V (Bedingungen bezüglich der Umsetzung).
Allerdings gibt es bei manchen Vorgaben der Allgemeinen Projektbedingungen „Sonderregelungen“ für die Projekte der funktionalen Räume, mit denen ihre laufende Umsetzung erleichtert werden soll. Die wichtigsten Unterschiede zu den „klassischen Projekten“ des Programms Interreg Großregion werden hier kurz beschrieben:
- Die Verwaltungsbehörde und das Gemeinsame Sekretariat des Programm Interreg Großregion können unabhängig vom Zeitplan des Programms ein Auftaktseminar organisieren, bei dem alle administrativen Verfahren der Projektumsetzung und des Projektmanagements vorgestellt werden. Ist dies der Fall, so ist die Teilnahme an diesem Seminar für die federführenden Partner der Projekte des funktionalen Raums MOSE verpflichtend.
- Die Projekte des funktionalen Raums MOSE müssen im Rahmen der formalisierten Überwachung der Projektumsetzung (d.h. mithilfe von Finanz- und Outputindikatoren) selbst keine Daten direkt an das Programm Interreg Großregion weiterleiten. Aber sie müssen in regelmäßigen Abständen Informationen zu den finanziellen Indikatoren (4-mal pro Jahr) und zu den von ihnen genutzten Outputindikatoren (2-mal pro Jahr) an den Zweckverband ISKFZ übermitteln, der für die Sammlung, Prüfung und Zusammensetzung der Daten aller Projekte des funktionalen Raums sowie für die Übermittlung dieser Daten an das Gemeinsame Sekretariat zuständig ist.
- Die Projekte des funktionalen Raums MOSE müssen keine individuellen Zwischen- und Abschlussberichte zu ihrer Umsetzung vorlegen, da der Zweckverband ISKFZ beide Durchführungsberichte jeweils für den gesamten Raum MOSE und für alle laufenden Projekte erstellen wird.
- Die Projekte des funktionalen Raums MOSE müssen keine individuellen Projektbegleitausschüsse (PBA) einrichten und jährlich veranstalten. Aber die federführenden Partner der genehmigten Projekte müssen an allen „Jährlichen Projektbegleitausschüssen“ des funktionalen Raums MOSE teilnehmen, die der Zweckverband ISKFZ für die laufenden Projekte organisieren wird
Diese „Sonderregelungen“ und andere mit der Umsetzung verbundenen Vorgaben sollten die künftigen Projektträger (insbesondere die federführenden Partner) schon bei der Ausarbeitung aufmerksam berücksichtigen, da sie im Antrag für die Beschreibung der allgemeinen Projektkoordination und der finanziellen Verwaltung wichtig sind!
Schließlich sind die Projekte des funktionalen Raums MOSE dazu verpflichtet, während der Umsetzung über ihre Aktivitäten und Ergebnisse zu kommunizieren. Dabei müssen die Kommunikationsvorschriften des Programms Interreg Großregion eingehalten werden, die in einem „Kommunikationsleitfaden“ näher beschrieben werden.
Zu allen oben genannten Bereichen der laufenden Umsetzung können Projekte Informationen, Beratung und Betreuung vom Regionalmanagement des funtionalen Raums MOSE und von den beiden „Kontaktstellen“ des Interreg-Programms erhalten.